Потому что подписка на клик происходит позже, чем собственно сам клик.

Но я интуитивно могу предположить, что задачу в принципе нужно решать не так. Так что если будут подробности могу помочь с более правильным вариантом.

И правда, что-то тупанул.

Ну здесь смысл такой: Есть меню, в котом один из пунктов при клике не ведет на другую страницу, а здесь же вызывает функцию из другого блока (появляется панель). Так же, при клике в урле должен проставиться hash, что бы урл можно было бы скопировать и кому-то отдать и если его откроют, то должна вызваться функция, которая происходит при клике на этот пункт меню.

Как-то так это сейчас работает, но боюсь это не совсем по БЭМовски, знаний по БЭМ фреймворку пока мало:

modules.define('menu-list', ['i-bem__dom', 'side-panel'], function(provide, BEMDOM, SidePanel) {

provide(BEMDOM.decl(this.name,
    {
        onSetMod : {
            'js' : {
                'inited': function() {
                var
                    afishaLoc = '#afisha',
                    locHash = window.location.hash,
                    locPathName = window.location.pathname;

                    this.bindTo('item', 'click', function(e){
                        var
                            itemHref = $(e.currentTarget).find('a').attr('href');

                        locHash = window.location.hash;

                        this.findElemInstances('item').delMod('active');
                        this.setMod($(e.currentTarget), 'active', true);

                        if (afishaLoc == itemHref) {
                            window.location.hash = itemHref;
                            SidePanel.activate();
                            return false;
                        } else if (afishaLoc == locHash && itemHref == locPathName) {
                            history.pushState("", document.title, window.location.pathname + window.location.search);
                            SidePanel.deactivate();
                            return false;
                        }
                    });

                    if(locHash == afishaLoc) {
                        setTimeout(function(){
                            $('a[href="' + afishaLoc + '"]').parent('li').click();
                        },0);
                    }
                }
            }
        }
    }
));

Предлагаю сделать проще:

1. Добавить этому кастомному айтему либо микс с дополнительной сущностью, либо просто модификатор, чтобы его можно было легко однозначно сматчить.
2. Знание про добавление/удаление хеша в урле унести в блок панели. При этом вместо написания методов activate/deactivate, использовать стандартную БЭМ-предметную область, т.е. выразить состояние панели через модификаторы. Это позмолит а) включать/выключать/переключать панель через стандартные setMod/delMod/toggleMod + прописать реакцию на изменение этих модификаторов декларативно (как раз в качестве этой реакции и менять хеш) + бонусом будет возможность подписаться на событие переключения панели снаружи, если потребуется.
3. В итоге в самом коде menu-list не придется перебирать айтемы через $('a[href="' + afishaLoc + '"]').parent('li'), а реакция на клик будет всего лишь тоглить модификатор на side-panel.

Как сматчить елемент по модификатору? К примеру, мне нужно у элемента блока, у которого стоит модификатор с определенным значением дернуть href внутренней ссылки, а потом на этот элемент повесить модификатор:

<ul class="block-name">
    <li class="block-name__item">
        <a href="/link-1.html">Link 1</a>
    </li>
    <li class="block-name__item block-name__item_toggle_on">
        <a href="#param">Link 2</a>
    </li>
    <li class="block-name__item">
        <a href="/link-3.html">Link 3</a>
    </li>
</ul>

В jQuery, это примерно так работает, а вот как по бэму, не понятно:

var
    item = '.block-name__item',
    $link = $(item).children('a'),
    active = 'block-name__item_active';

$link.on('click', function() {
    var
        hrefLink = $(this).attr('href');

    $(this).closest(item).addClass(active);

    console.log(hrefLink); 
});

Чтобы найти элемент с нужным модификатором, можно использовать кеширующий elem() (https://ru.bem.info/libs/bem-core/v2.8.0/desktop/i-bem/jsdoc/#jsdoc-elem-1) или некеширующий findElem() — https://ru.bem.info/libs/bem-core/v2.8.0/desktop/i-bem/jsdoc/#jsdoc-findElem-1

Код на jQuery можно переписать в терминах i-bem.js так:

modules.define('block-name', ['i-bem__dom', 'jquery'], function(provide, BEMDOM, $) {

provide(BEMDOM.decl(this.name, {
    onSetMod: {
        js: {
            inited: function() {
                this.bindTo(this.elem('item', 'toggle', 'on'), 'click', function(e) {
                    var link = $(e.target),
                        item = $(e.currentTarget),
                        hrefLink = link.attr('href');

                    this
                        .delMod(this.elem('item'), 'active')
                        .setMod(item, 'active');

                    e.preventDefault(); // если не нужно переходить по ссылке
                });
            }
        }
    }
}));

});

Вот, это то что нужно было, теперь понял, спасибо

Правда если сделать клик удаленно this.elem('item', 'toggle', 'on').click() то hrefLink = link.attr('href') возвращает undefined

И сразу в догонку вопрос, как реализовать это по бэмовски, учитывая структуру, которую писал выше, когда только у одного итема переключается модификатор тоггл и при этом клик происходит не по итему с модификатором toggle?

$('.menu-list__item_toggle_on').removeClass('menu-list__item_toggle_on').addClass('menu-list__item_toggle_off');

если сделать клик удаленно...

Тут возникает подозрение, что задачу нужно в принципе решать чуть по-другому. Расскажи про нее в более высокоуровневых терминах, попробую помочь с решением.

А задачу про тоггл, если, конечно, я ее правильно понял, нужно решать на уровне блока, тогда это выглядит как:

var _this = this;

this.bindTo('item', 'click', function(e) {
    this.elem('item').each(function() {
        _this.toggleMod($(this), 'toggle', 'on', 'off');
    });

    e.preventDefault();
});