Алгоритм звучит нормально, какая именно помощь нужна?

@tadatuta Определить, что присвоить модификатор нужно только одному элементу который достиг границы. Элементов может быть не 3, а к примеру 10 и они динамические. Пока получается при скролле только присваивать либо всем, либо только первому модификатор

В самом простом случае это будет выглядеть примерно так:

this._domEvents().on('scroll', function(e) { // подписываемся на скролл на родителе
    this._elems('element').forEach(function(elem) { // перебираем все элемент
        if (elem.domElem.offset().top <= 0) { // если верхняя граница данного элемента 0 или выше, то выставляем ему модификатор
            elem.setMod('top');
        }
    });
});

Но нужно понимать, что дергать такую математику на каждое срабатывание скролла дорого и стоит применить throttle.

И еще момент. Заметил, что в примере в js-параметрах элементов используется поле id. В i-bem.js оно имеет специальное значение для связывания разных DOM-узлов в единую сущность (см. https://ru.bem.info/platform/i-bem/html-binding/#Один-js-блок-на-нескольких-html-элементах). Если такое поведение не требуется, следует выбрать другое название для поля.

С нулем не сработало, немного изменил и все отлично работает, насколько правильно по методологии? Про функцию прочитал в уже боевом проекте применю

this._domEvents().on('scroll', function(e) {
            scrollPos = bemDom.win.scrollTop();
            console.log(scrollPos);
            this._elems('test').forEach(function(elem) {

                console.log(scrollPos);

                if (elem.domElem.position().top <= scrollPos && elem.domElem.position().top + elem.domElem.height() > scrollPos) { 
                    elem.setMod('top');
                }
                else{
                     elem.delMod('top');
                    }
            });
});

можно чуть сократить:

this._domEvents().on('scroll', function(e) {
    var scrollPos = bemDom.win.scrollTop();

    this._elems('test').forEach(function(elem) {
        var elemTop = elem.domElem.position().top;

        elem.setMod('top', elemTop <= scrollPos && elemTop + elem.domElem.height() > scrollPos);
    });
});

ну и если высоты элементов не меняются, то лучше их отдельно закешировать, чтобы не дергать DOM на скролл лишний раз.

Высота остается неизменной при первой постройке DOM.

За состоянием элемента слежу так:

this._events(this.findChildElems('test'))
.on({ modName : 'top', modVal : true},this._onCurSection);

в консоль прилетает значение только для первого элемента test, или нужно реализовать так же перебор?

_onCurSection: function(e) {

       console.log(this._elem('test').params.name);
    }

достаточно просто

this._events('test').on({ modName : 'top', modVal : true }, this._onCurSection);

ну или даже просто дергать _onCurSection там же, где выставляется модификатор top.

Если следить за установкой модификатора, то в _onCurSection прилетает только значение для первого элемента, пробовал отфильтровать, но не получилось, а нужно получить значение params.name на лету именно в _onCurSection

_onCurSection: function(e) {
       var curSection = this._elem('test','top').params.name;
       console.log(curSection);
    }

«виноватый» элемент должен лежать в e.bemTarget, т.е. имя должно быть доступно по e.bemTarget.params.name

Ну конечно, так же я уже делал в меню только по клику. Спасибо!

Упрощенный отчет по завершению блока. Задача, при скролле элементов блока изменять состояние ссылки меню навигации по блоку на активное.

1-создал простую конструкцию

{
                                                      block:'block1',
                                                      js:'true',
                                                      content:[
                                                                {
                                                                  elem:'test',
                                                                  js:{name:'elem1'},
                                                                },
                                                                {
                                                                  elem:'test',
                                                                  js:{name:'elem2'},
                                                                },
                                                                {
                                                                  elem:'test',
                                                                  js:{name:'elem2'},
                                                                },
                                                                {
                                                                  elem:'nav',
                                                                  content:[
                                                                            {
                                                                              elem:'link',
                                                                              js:{link:'elem1'},
                                                                            },
                                                                            {
                                                                              elem:'link',
                                                                              js:{link:'elem1'},
                                                                            },
                                                                            {
                                                                              elem:'link',
                                                                              js:{link:'elem1'},
                                                                            },

                                                                  ]

                                                                }
                                                      ]
                                                    }

Элементам переды параметры в js name и link , через них и будет работать связка пункт меню и активный скролл.

2-Описание работы

modules.define('block1', ['i-bem-dom','jquery', 'functions__throttle' ], function(provide, bemDom,$, throttle) {

provide(bemDom.declBlock(this.name, {
    onSetMod: {
        'js': {
            'inited': function() {

                this._domEvents(bemDom.win).on('scroll',this._onScroll);
                //подписываемся на событие скролла на блоке родителя
                this._events('test').on({ modName : 'active', modVal : true }, this._onCurSection);
                //следим за элементом-слайдом с модификатором 'active'
            }
        }
    },
    _onScroll: function(e) {
        //Фиксация навигации при скролле 
        var domElem = this.domElem;
            nav = this._elem('nav');
            this.scroll = bemDom.win.scrollTop();
            // определяем высоту блока родительсткого блока
            this.height = domElem.height();

            this.position = domElem.offset();
            // определяем верхнюю границу родительсткого блока
            this.top = this.position.top; 
            // определяем нижнюю границу родительсткого блока
            this.bottom = this.position.top + this.height;
            //определяем высоту навигации
            this.navheight = nav.domElem.height();
            //добавление модификатора навигации
            nav.setMod('fixed',this.scroll > this.top);


            // if (this.scroll > this.top) {
            //         nav.setMod('fixed');
            // };
            // if (this.scroll > this.bottom) {
            //         this._elem('nav').delMod('fixed');
            // };
            // if (this.scroll < this.top) {
            //         this._elem('nav').delMod('fixed');
            // };     
            //Перебор всех элементов и присвоение модификатора активному элементу        
            scrollPos = bemDom.win.scrollTop();
            this._elems('test').forEach(function(elem) {
                var sectionTop = elem.domElem.position().top;
                elem.setMod('active', sectionTop <= scrollPos && sectionTop + elem.domElem.height() > scrollPos);

            });




    },
    _onCurSection: function(e) {
       //Определение текущего значения параметра name для активного элемента 'test'
       var curSection = e.bemTarget.params.name;
       //Удаление всех активных состояний
           this._elem('link').delMod('active');
           //Перебор всех элементов навигациии
           this._elems('link').forEach(function(link) {
           //Выделение активного пункта навигации соответвующему элементу 'test'
            link.setMod('active', elem.params.link == curSection)
            console.log(curSection);
        });



    }
}));

});

А зачем throttle, если он не используется (хотя, по-хорошему, его лучше использовать)?