Должно работать именно так, вот демка: https://goo.gl/p7qhNJ

Только что понял, в чём дело. Мне тоже как-то казалось, что я прав. %) Два часа тупого пяленья на код и пустых переделок всё-таки дали результат. Дело банальное до крайности (как обычно):

Дело в том, что часть кода у меня создаётся динамически (меняем/добавляем элементы внутри уже созданного блока через BEMHTML.apply(...)) и вот там в шаблоны отдаётся elem : <имя_элемента> и block : <имя_блока>, чтобы было понятно, откуда брать шаблон. О том, что шаблону неоткуда узнать об имеющихся в уже сгенерённом блоке модификаторов, никто не подумал.

Пойду цеплять модификаторы. %))

Ещё чуть-чуть: А как при такой схеме правильно раскладывать файлы бэм в дереве файловой структуры? Предполагал, что для описанного случая (пытаюсь группировать элементы блока с определённым модификатором), должно было быть что-то вроде:

block/
    block.*
    _mod/
        block_mod.*
        __elem/
            block_mod__elem.*

-- Но по факту не работает.

Единственный ли выход -- валить всё в block/_mod/block_mod.* без группировки по отдельным сущностям?

В подсказке по организации файловой структуры ничего подходящего вроде бы находится...

...Вот вижу ещё старый ответ про наименование файлов. Но там рассматривается обратная ситуация: как именовать файлы модификатора вложенного элемента...

Это тот же block('b1').mod('m1', true).content()('works!'), только ты меняешь контент не блоку, а элементу блока. Поэтому, в nested файловой структуре, расположение шаблона будет b1/_m1/b1_m1.bemhtml.js

@yar-usenko Имелось в виду, существует ли возможность разложить элементы по файлам/папкам уже внутри описания мода. Напр.:

b1/
    ...
    _m1/
        __e1/
            b1_m1__e1.*
        __e2/
            b1_m1__e2.*
        ...
    ...

Сейчас у меня, действительно, всё живёт в b1/_m1/b1_m1.* -- работает, но немножко некрасиво.

Сейчас готовой такой схемы нет, но в теории она может быть произвольная. Хотя в данном случае b1/_m1/b1_m1.* вроде вполне логичный вариант.