Хочу из одного места склонировать блок в другое и потом поменять у этого клона модификатор
Если просто делать
bemDom.prepend(
ctx,
activeSlide.domElem
);
то при смене модификатора у этого клона, меняется модификатор и у блока с которого происходило клонирование))
Самый надежный способ — это сгенерировать разметку заново. Если тянуть шаблоны на клиент не хочется, то нужно сохранить разметку до инициализации и вставлять ее.