Хотел бы узнать почему в bem.info не используются блоки меню из bem-components?

Блок menu предполагает что-то вроде контекстного меню в вертикальными пунктами и достаточно богатым JS API. Это подходит для реализации селекта, саджеста и т.п. блоков на его основе, но для обычного списка ссылок навигации по сайту гораздо проще реализовать отдельный простой блок.

как сгенерировать блок меню с помощью технологии bemtree?

Технология BEMTREE используется для генерации BEMJSON. Так что доступного на сайте BEMJSON должно быть достаточно. Например:

block('my-own-block').content()(function() {
    return {
        block: 'menu',
        // и так далее 
    }
});

Приведенный вами шаблон у меня уже работает. и выводит

<div class="my-own-block"></div>

Когда же я пытаюсь вывести пункты меню. То в дереве блока ничего не меняется.

block('top-menu').content()(function() {
    return {
        block: 'menu',
        content: [
        {
          elem: 'item',
          content: 'Home'
        },
        {
          elem: 'item',
          content: 'Office'
        }
      ]
    }
});

Предположу, что шаблон для my-own-block не попал в сборку. Он должен оказаться либо в index.bemdecl.js либо (лучше) в deps.js блока-родителя (родитель в свою очередь тоже должен попадать в сборку одним из этих вариантов).

Проверил шаблоны по нисходящей. Поправил названия блоков. Меню заработало. Пока только не могу понять зачем в bemtree указывается уникальное название блока и имя блока menu из библиотеки компонентов?

block('top-menu').content()(function() { // Где top-menu уникальное название блока
    return {
        block: 'menu', // Название блока из библиотеки компонентов
        content: [

Каким должно быть правильное название папки блока меню? menu или top-menu? Соответственно и название вложенных файлов?

На этот вопрос нет универсального ответа, зависит от конкретной задачи. Но если попробовать обобщить, то menu — это абстрактный универсальный блок, который может использоваться в самых разных случаях, а top-menu — это конкретное меню на странице. Так что в результате в папке menu будет все про тот самый универсальный «строительный кирпичик», а в папке top-menu окажется специфика про навигацию на странице.