Сборка на основе bemdecl. Вот grep:

% grep -r root ./desktop.bundles/*        
./desktop.bundles/index/index.bemtree.js:        if ($$block === "root" && !$$elem && (__$ctx.__$a0 & 1) === 0) {
./desktop.bundles/index/index.bemtree.js:    console.log("root");
./desktop.bundles/index/index.deps.js:        "block": "root"
./desktop.bundles/index/index.bemdecl.js:    { name: 'root' },

Сам ./desktop.blocks/root/root.bemtree.js

block('root').replace()(function() {
    var data = this.data = this.ctx.datal;
    console.log('root');

    return {
        block: 'page',
        favicon: '/favicon.ico',
        title: data.title,
        mods: { view: data.view },
        styles: [
            { elem: 'css', url: '/index.min.css' }
        ],
        scripts: [
            { elem: 'js', url: '/index.min.js' }
        ]
    };
});

Подозреваю, что весь затык в какойто мелочи. Однако я уже проверил все варианты, что пришли мне в голову. Другие блоки например page работают нормально; код блоков взят из проекта где они работали, в неизменном виде.