Вперемешку работать будет, но на yaml на данный момент нельзя выразить зависимости по технологиям. В итоге мы у себя от использования отказались и я бы пока не рекомендовал начинать.

Пишу «пока» потому что рано или поздно на смену текущей реализации депсов придет https://github.com/bem-incubator/bem-deps, к которым можно будет писать произвольные парсеры. Тогда можно будет и yaml поддержать и любые другие форматы.

Спасибо за ответ. Жаль конечно, на yaml гораздо короче запись, чем в js. Будем ждать обновлений.

С одной стороны - да, а с другой - вон в bemhtml тоже была запись короче, да время сборки оказалось важнее.