С точки зрения методологии все хорошо.

Если говорить про вкусовщину, то:

1. JS реализацию не стоит выносить в отдельные сущности (js-dropdown-menu, js-hidden). Если у нас есть блок dropdown-menu, то у него помимо CSS может быть и JS. Не нужно их разделять. И если в какой-то момент блок меняет свое состояние таким образом, что становится невидимым, то это его собственный модификатор dropdown-menu_hidden, а не отдельный микс с блоком js-hidden.
2. Модификаторы _mobile и _desktop — ок, если нет возможности не дублировать в DOM-дереве сущность под каждое окружение. Но если есть возможность избежать копипаста и просто менять стили для одного узла с помощью media queries — было бы лучше.

Спасибо за ответ.

На счет замечаний:

1. Просто показалось, что если блок не отвечает за свое позиционирование в потоке документа, то и за видимость тоже не отвечает, посему выделил скрытие/закрытие в глобальный класс (как State в SMACSS), т.к. на странице будет часто использоваться. Если каждый блок должен иметь свой модификатор скрытие/закрытие, то это обременяет (без full-stack). Кстати, а кнопка, раскрывающая/скрывающая меню, это отдельная сущность или элемент блока menu?
2. Не значит ли это (опять касаемо позиционирования), что тогда придется создать элемент у родителя, к примеру, header__mobile, который будет растягивать на всю ширину блок menu и поместит под header?

Просто показалось, что если блок не отвечает за свое позиционирование в потоке документа, то и за видимость тоже не отвечает

Чтобы понять, какие свойства стоит сделать собственными, а какие — отдельными, нужно посмотреть на них с точки зрения реиспользования на другой странице/проекте. Очевидно, что в зависимости от дизайна dropdown будет позиционироваться в разных местах, так что это свойство не является собственным. А вот возможность его скрыть/показать нужна всегда, стало быть, это его собственный модификатор.

Если каждый блок должен иметь свой модификатор скрытие/закрытие, то это обременяет

Чтобы решить эту проблему, достаточно написать простейшую функцию-хелпер для установки модификатора. Вот хороший вариант из готового: http://xslc.org/jquery-bem/

кнопка, раскрывающая/скрывающая меню, это отдельная сущность или элемент блока menu?

В bem-components есть универсальные блоки button, menu и popup а потом на их основе легко собирается блок dropdown. При этом вместо button в качестве триггера может служит, например, link или какой-то иной блок. Композиция рулит.

Не значит ли это (опять касаемо позиционирования), что тогда придется создать элемент у родителя, к примеру, header__mobile, который будет растягивать на всю ширину блок menu и поместит под header?

Зависит от макета и требований к поведению. Однозначного ответа здесь быть не может.

@tadatuta многое встало на свои места. Спасибо за подробный ответ. jquery-bem is fantastic.